2013年10月16日，召开“两打两建”专项行动阶段性推进情况新闻发布会，通报了专项行动开展三个月以来，查处的一批案件和发现的一些问题，并对药品领域有关问题回应了社会关切。
7月17日，总局在全国范围内动员部署了为期半年的药品“两打两建”专项行动。在专项行动中，全国食品药品监管系统围绕“隐患zui突出、群众zui关注”的打击重点，多措并举推进整治工作；相关部门积极配合，完善协调工作机制；社会各界主动参与，媒体记者暗访曝光，形成有效震慑，初步形成了“两打两建”社会共治格局，产生了良好的社会效果。
截止9月底，“两打两建”专项行动共立案4794件，总局将其中58个案件列为重点案件，并对20个重大案件进行了挂牌督办。其中典型的案件有：广西破获的“5.17”制售人血白蛋白假药案、江苏省连云港市破获的“12.25”利用网络制售假药案、安徽省滁州市破获的刘某等人利用淘宝销售假药案、江西省赣州市破获的匡某等人制售假药案、江苏省宿迁市破获的“11.2”生产销售假药案、河南省鹤壁市破获的胡某等人销售格列卫等假药案、湖北省十堰市破获的叶某等利用互联网制售假药案、广东省深圳市破获的“5.30”销售假药集群案件、北京市破获的“7.07”非法进口销售燕嬉减肥药案、浙江省查获万翔药业使用化工原料代替原料药违法生产药品案件。
此外，截止9月底，全国共监测发现药品、医疗器械和保健食品严重违法广告53万余条次，移送工商部门查处的48万余条次，发布违法广告公告435期，撤销或收回广告批准文号138个，采取暂停产品销售限期整改措施612次。经监测共发现涉嫌非法售药的2000余家，其中194家境内违法移送工业和信息化部予以关闭； 609家境外违法也通过相应渠道予以处置；1391家移交省级食品药品监管部门依法进行查处。其中，对47个严重违法进行了公开曝光。
食品药品监管部门在专项行动中发现问题、解决问题，并探索建立长效机制。目前已经起草了一系列管理规定，正在通过多种形式征求意见，比如，药品委托生产管理、加强中药提取物管理、药品生产企业风险管理、药品经营企业分级分类管理等；同时，正在着手调研和起草有关规定，比如飞行检查管理规定、互联网药品销售管理办法等。
为加强中药材管理，经同意，总局联合等8部局印发了《关于进一步加强中药材管理的通知》，对中药材产业全链条各环节的管理提出了明确要求。重点对中药材种植养殖环节、对初加工的管理提出明确要求，对中药材市场管理再次提出要求，对地方政府责任进一步作出明确。同时，还要求各地坚决清退不符合要求的生产经营者，严厉打击制假售假等各类违法违规行为。《通知》出台对保证中药材质量，保障中药临床用药安全有效，推动中药产业和中医事业健康发展将发挥重要作用。
下一阶段，全国食品药品监管系统将进一步加大案件查处曝光力度，锁定一批案件线索，一查到底，决不放过。对中药注射剂生产企业、中药基本药物生产企业、中成药产量大的企业，特别是药品销售价格明显偏低的品种和企业，将加大检查力度。加强对网上售药行为的监测，与相关部门配合坚决整顿、关闭、曝光一批违法售药。积极推动药品委托生产管理、中药提取物管理、药品生产企业风险管理等规定的出台。
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